Начало фильма спизжено у первой "Матрицы". Внутри компьютерной симуляции находятся два человека: синевласая Багз (да, её назвали в честь персонажа из Looney Tunes). и её напарник-связной Сек, который потом больше не появляется. Они наблюдают за тем, как агенты гонятся за очень изменившейся за лето Тринити. Пародию на Тринити почему-то [[:lm_ru:Внезапно|ловят]], а синяя валит. Убегая и прячась от агентов, она натыкается на одного из них - это агент Смит, который отсидел в матричной тюрьме, а также [[:lm_ru:Взаимоисключающие параграфы|оказывается Морфеусом]]. Багз помогает Морфеусу «проснуться» и выйти из Матрицы (читай - побороть личность агента Смита и принять настоящего себя - прямолинейная метафора 1), несмотря на то что он программа, и физического тела не имеет. Зачем она его вытащила - чтобы он помог ей найти Нео.
В это время дизайнер компьютерных игр Томас Андерсон, aka Нео живет себе в Сан-Франциско, ему 40 лет, бородат, почивает на лаврах трилогии игр "Матрица" о симуляции и прочей хуйне, сюжет трилогии в общем. Ходит к [[:lm_ru:Дурдом#Персонал|психиатру]], который пичкает его [[:lm_ru:Карательная психиатрия|синими таблетками]], ведь Нео видит кошмары (которые события "Матрицы"), воюет с начальником Смитом (очередной агент Смит, и очередная метафора, хоть уже и без Морфеуса - в данной ситуации опять две личности, одна из которых, "настоящая", ненавидит Нео за то что он причина его ограничений, и вторая, "ненастоящая", считает его другом и товарищем, прямолинейная метафора 2), и работает над игрой "Бинарность ({{lang-en|Binary}})", но [[:lm_ru:Нет_пути|работа не идет]] (метафора 3). В местном кафе Андерсон знакомится с женщиной по имени Тиффани, точь-в-точь похожей на Тринити из его игры. До слоупока начинает что-то доходить, и при встрече Андерсон начинает вспоминать совместное прошлое, которое существовало якобы только в «Матрице» — но мы-то с вами знаем.
Он возвращается к своей игре, и идет отложить [[:lm_ru:Говно|личинку]], как вдруг звучит сигнал тревоги, в здание залетает спецназ. Из кабинки выходит Сморфеус, и предлагает выход из матрицы, но Нео выбирает синюю таблетку, и снова оказывается на приеме у психиатра. В процессе выпиливания спецназовцев Смит становится Агентом Смитом (метафора 4), и начинает охоту на Нео. Спаситель идет выпиливаться, но его тормозит синяя, и рассказывает о том что он спаситель. На этот раз Нео согласен выйти из Матрицы. Почему? Хуй знает.
