[[Файл:RussianTorpedoBoats.jpg|150px|thumb|Именно при Колчаке они устроят джапам аллах-бабах!]]
Здесь сабж прославился не абы как, а уже ввёл легионы царской армии! По прибытии в Якутск Колчак узнал о нападении японского флота на русскую эскадру на рейде Порт-Артура и о начале РЯВ. 28 января 1904 года он по телеграфу связался с Константином Константиновичем и попросил о своём переводе из Академии наук в Морское ведомство. Получив разрешение, Колчак ходатайствовал о направлении в Порт-Артур. В конце февраля прибыл в Иркутск и, проведя здесь около двух недель, буквально на ходу обвенчался 5 марта с С. Ф. Омировой в местной Михаило-Архангельской (Харлампиевской) церкви. Сдав дела по экспедиции, 9 марта отправился на Дальний Восток. Вместе с ним выехал Бегичев.
Колчак прибыл в Порт-Артур 18 марта. На следующий день лейтенант встретился с командующим Тихоокеанским флотом адмиралом С. О. Макаровым и попросил назначения на боевую должность. Однако Макаров назначил его вахтенным начальником на крейсер 1-го ранга «Аскольд». Этим назначением командующий хотел предоставить лейтенанту возможность отдыха после полярной экспедиции и приблизить его к себе, чтобы познакомиться получше. Через две недели адмирал Макаров, которого Колчак считал своим учителем, погиб на борту эскадренного броненосца «Петропавловск», подорвавшегося на японской мине.
Беспокойный и в чём-то даже авантюрный по характеру Колчак мечтал о рейдерских операциях на коммуникациях противника. Ему, скучавшему от оборонной тактики, хотелось участвовать в наступлениях, схватках с врагом лицом к лицу. Однажды на восторг сослуживца от быстрого хода судна лейтенант угрюмо ответил: «Чего же хорошего? Вот если бы мы шли так вперёд, на неприятеля, было бы хорошо!» С 21 по 30 апреля ежедневной работой второго отряда миноносцев было траление внешнего рейда. 1 мая впервые с начала военных действий на востоке Колчаку довелось принять участие в серьёзном и опасном задании. В этот день началось выполнение операции, разработанной командиром минного заградителя «Амур» капитаном 2-го ранга Ф. Н. Ивановым. В то время как «Амур» занимался установкой минной банки, «Сердитый» под командованием Колчака вместе со «Скорым» шли с тралами впереди «Амура», расчищая ему путь. На следующий день, подорвавшись на расставленных минах, погибли японские броненосцы «Хацусэ» и «Ясима», что стало самым громким успехом Первой Тихоокеанской эскадры за всю кампанию.
Первое самостоятельное командование Колчака боевым кораблём продолжалось до 18 октября, с почти месячным перерывом на излечение в госпитале от воспаления лёгких. И всё же Колчак успел совершить воинский подвиг на море. Ведя свою каждодневную рутинную работу, Колчак на своём миноносце ежедневно тралил внешний рейд, дежурил на проходе в бухту, обстреливал неприятеля, ставил мины. Он выбрал место для установки банки, но в ночь на 24 августа ему помешали три японских миноносца. Офицер проявил настойчивость — в ночь на 25 августа «Сердитый» вновь вышел в море, и Колчак поставил-таки 16 мин в облюбованном им месте в 20½ милях (38 км) от гавани, на которых в ночь с 29 на 30 ноября подорвался и затонул японский крейсер «Такасаго». Этот успех был вторым по значению для русских военных моряков после потопления японских броненосцев «Хацусе» и «Ясима». Колчак гордился этим успехом, упоминал о нём в автобиографии 1918 года и на допросе в Иркутске в 1920 году.
С 19 сентября миноносцы и канонерские лодки были переведены на бессменное дежурство близ входа на внешний рейд. Периодически ставили мины. Однако служба на миноносце становилась к этому времени всё однообразнее, и Колчак сожалел, что находится не в гуще событий, где решалась судьба Порт-Артура. А решал судьбу Порт-Артура небезызвестный командующий Куропаткин.
18 октября Колчак по его собственной просьбе в связи с состоянием здоровья был переведён на сухопутный фронт, куда к этому времени переместились основные события военной кампании.
Здесь он командовал сводной батареей разнокалиберных орудий на артиллерийской позиции «Вооружённый сектор Скалистых гор», общее командование которым осуществлял капитан 2-го ранга А. А. Хоменко. В составе батареи Колчака были две небольшие батареи 47-мм орудий, стрелявшее по удалённым целям 120-мм орудие, батарея из двух 47-мм и двух 37-мм пушек. Позднее хозяйство Колчака было усилено ещё двумя старыми пушками с лёгкого крейсера «Разбойник».
Всё время до момента сдачи крепости А. М. Стесселем Колчак провёл в огне сражения, отражая в артиллерийской дуэли с японцами атаки их пехоты.
Во время осады Порт-Артура лейтенант Колчак вёл записи, в которых систематизировал опыт артиллерийской стрельбы и собирал свидетельства о неудачной июльской попытке прорыва судов порт-артурской эскадры во Владивосток, проявляя себя вновь в качестве учёного — артиллериста и стратега.
К моменту капитуляции Порт-Артура Колчак тяжело заболел: к суставному ревматизму добавилось ранение. 22 декабря он попал в госпиталь. В апреле госпиталь был эвакуирован японцами в Нагасаки, и больным офицерам было предложено лечиться в Японии или возвращаться в Россию. Все русские офицеры предпочли Родину. 4 июня 1905 года Колчак прибыл в Санкт-Петербург, но после очередного обострения он опять попал в госпиталь. Даже сабж никакой момент не переломил. Россия эту маленькую победоносную войну проебала. EPIC FAIL!